抵扣联的处理和存放有以下几种方式:单独装订保存抵扣联需要单独装订成册,并进行保存。保存年限通常为五年,以备后续查验。在电子税务局网站勾选认证成功后,受票方应将抵扣联装订入档保管。随发票一起存放抵扣联在抵扣后应与发票放在一起,以便于管理和查找。一些企业会在装订发票时,将抵扣联一并订好,并用夹子夹起来,